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该研究所成立于1959年，是我国灌溉排水领域唯一的国家级科研机构，定位于应用基础研究和应用技术研发，重点围绕作物高效用水理论、灌排水技术与装备、农业水资源与环境等学科方向，组织和实施全国性重大科研项目，着力解决我国农业水利与灌溉工程建设中的重大科技问题，培养农业水利与灌溉工程科技人才，推广先进、实用科技成果，是国家科技创新体系的重要力量。

现有在职职工156人，其中研究员21人、副研究员39人；具有博士学位57人，硕士学士59人，40岁以下青年人员占比超过50%；拥有跨世纪学科带头人1人、河南省优秀专家2人、河南省学术技术带头人4人、河南省高层次人才10人；支持期内农科青年英才1人，所级科研青年英才和后备青年英才8人。

拥有“河南商丘农田生态系统国家野外科学观测研究站”和农业农村部作物需水与调控重点实验室、节水灌溉工程重点实验室和农产品质量安全水环境因子风险评估实验室等农业农村部、水利部平台10个，河南省级平台2个，所级国际合作平台1个。

新乡所区占地175亩，在新乡和商丘建有试验基地4个，面积800余亩；拥有喷灌试验场、喷微灌水力学试验厅、大型蒸渗仪群组等国内一流的基础设施，在河南、河北、山东、新疆、内蒙古等地建有专业试验示范点，为国家灌溉农业绿色发展联盟理事长单位。

该研究所始终坚持“四个面向”，围绕重大使命和战略定位，努力打造国内外一流学科团队，目前建设4个学科方向的作物需水过程与调控团队、非充分灌溉原理与技术团队、农业水资源优化配置与调控技术团队、非常规水资源安全利用团队、节水高效灌溉技术与装备团队、现代节水型灌区建设与改造团队等6个院级创新团队和农业水资源战略、高标准农田建设、排水工程与涝渍灾害防控、农业水生态等4个所级创新团队。

经过科技创新工程全面推进期5年的发展，研究所科技创新能力和水平显著提升。“十三五”期间，主持国家级科研项目(课题)25项、省部级科研项目37项，国家自然科学基金项目增长50%。

发表论文400余篇，其中SCI收录近百篇、EI收录54篇，SCI论文增10倍，出版学术著作17部，科研项目和论文数量稳步增长、质量显著提升。

获得省部级科技奖励17项，制定修订国家行业标准11部，新增20多项技术产品，6项入选水利部先进实用技术，累计推广6000多万亩。开展全国性节水灌溉技术培训10余期，累计培训2000余人次，为30多个省区开展节水设备质量检测服务2000余次。